小麥基因電子表達分析平臺的構建及相對于水稻的小麥特異基因的鑒定.pdf

1、在dbEST數(shù)據(jù)庫中，普通小麥ESTs數(shù)量已超過了一百萬條。這些ESTs來自于各種類型的cDNA文庫，代表在不同組織、處理及生理狀態(tài)下表達的小麥基因。從這些數(shù)據(jù)中可以發(fā)掘出關于小麥基因數(shù)目、表達特征及基因進化等許多重要信息。本研究立足于小麥ESTs數(shù)據(jù)挖掘，主要開展了兩個方面的研究，一是小麥基因電子表達分析平臺的建立，二是相對于水稻的小麥特異基因的鑒定。
　　 一、在小麥基因電子表達分析平臺構建中，我們按cDNA文庫的組織與處理

2、類型對普通小麥ESTs數(shù)據(jù)進行分類，構成后臺數(shù)據(jù)庫。平臺通過分析基因?qū)狤STs所在文庫的信息，利用卡方測驗及貝葉斯方法對基因在不同類型cDNA文庫中ESTs出現(xiàn)頻率進行差異顯著性測驗，從而了解此基因的表達模式。通過對已知表達模式的基因進行測試，發(fā)現(xiàn)本平臺可以用于普通小麥基因的電子表達研究。
　　 二、普通小麥和水稻同屬于禾本科作物，但是兩者形態(tài)特征及生長條件存在顯著的差異，這與其基因之間的差異直接相關。本研究通過將普通小麥ES

3、Ts與水稻基因進行比對，發(fā)現(xiàn)了3，809個相對于水稻的小麥候選特異基因，其中與小麥蛋白質(zhì)定向、貯存以及防衛(wèi)反應相關的特異基因數(shù)量最多。在功能未知的特異基因中，三類結(jié)構域，即鋅指結(jié)構域、類細胞周期素結(jié)構域以及NB-ARC結(jié)構域出現(xiàn)的頻率最高，說明這些特異基因可能主要與小麥生長發(fā)育以及適應能力有關。對隨機挑選的81個候選特異基因進行了分析，在獲得正確序列的54個基因中，有49個在標準Southern雜交條件下不能與水稻DNA雜交。在半定量R