線(xiàn)蟲(chóng)和水稻中環(huán)狀RNA的預(yù)測(cè)分析.pdf

1、環(huán)狀RNA是一類(lèi)特殊的RNA分子，其形成方式與正常的mRNA不同，它是經(jīng)過(guò)反向剪接首尾相連而成的。正是由于這種結(jié)構(gòu)的特殊性，使它容易在經(jīng)典分離過(guò)程中被丟棄，這也是環(huán)狀RNA一直被科學(xué)家們忽視的主要原因。隨著高通量測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)的發(fā)展，環(huán)狀RNA在多種真核生物體中被大量鑒定出來(lái)。線(xiàn)蟲(chóng)作為模式生物，同時(shí)具有真核生物和原核生物的特點(diǎn)，其環(huán)狀RNA雖有報(bào)導(dǎo)但沒(méi)有深入分析。另外，植物中也尚無(wú)大規(guī)模的環(huán)狀RNA研究。
　　本課題中，我們

2、利用經(jīng)過(guò)不同處理?xiàng)l件下的RNA-seq數(shù)據(jù)，對(duì)線(xiàn)蟲(chóng)中存在的環(huán)狀RNA進(jìn)行了深入的研究，分析了線(xiàn)蟲(chóng)中環(huán)狀RNA的特征以及表達(dá)量同線(xiàn)性RNA的關(guān)系，同時(shí)，我們預(yù)測(cè)和分析了水稻及擬南芥中的環(huán)狀RNA，并比較動(dòng)植物間環(huán)狀RNA的差異。主要研究結(jié)果如下:
　　1)利用線(xiàn)蟲(chóng)多個(gè)生長(zhǎng)發(fā)育階段且經(jīng)過(guò)核酸外切酶處理后的RNA-seq數(shù)據(jù)，共預(yù)測(cè)出1452個(gè)環(huán)狀RNA，對(duì)它們進(jìn)行分類(lèi)，并選取典型的1112個(gè)外顯子環(huán)狀RNA作為后續(xù)的分析。
　　

3、2)根據(jù)環(huán)狀RNA的位點(diǎn)信息，我們發(fā)現(xiàn)線(xiàn)蟲(chóng)環(huán)狀RNA多數(shù)是由兩個(gè)且處于中間位置的外顯子構(gòu)成;有第一個(gè)外顯子參與環(huán)化的比例比人類(lèi)中要高;單個(gè)外顯子成環(huán)時(shí)外顯子的長(zhǎng)度會(huì)更長(zhǎng)。根據(jù)環(huán)狀RNA上下游內(nèi)含子序列信息，發(fā)現(xiàn)線(xiàn)蟲(chóng)環(huán)狀RNA兩側(cè)具有較長(zhǎng)的內(nèi)含子序列，并且內(nèi)含子間多含有反向互補(bǔ)配對(duì)序列。根據(jù)線(xiàn)蟲(chóng)環(huán)狀RNA和線(xiàn)性RNA的表達(dá)量信息，發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA的表達(dá)具有生長(zhǎng)發(fā)育階段特異性，兩者不存在直接的相關(guān)性關(guān)系。
　　3)利用水稻、擬南芥的RN