水稻全基因組葉綠體蛋白的預(yù)測(cè)和進(jìn)化分析.pdf

1、蛋白質(zhì)要正常的發(fā)揮功能，必須處于自己特定的亞細(xì)胞定位中，因此研究蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位對(duì)其功能的研究起到了至關(guān)重要的作用。葉綠體是植物細(xì)胞所特有的細(xì)胞器；葉綠體中的蛋白質(zhì)由核基因組編碼和質(zhì)體基因組編碼。但是。目前葉綠體中的蛋白質(zhì)數(shù)目尚不清楚，而水稻是重要的單子葉模式植物。水稻葉綠體蛋白的預(yù)測(cè)有助于人們?cè)诜肿铀缴侠斫飧叩戎参锏娜~綠體的生物發(fā)生和光合作用的機(jī)理。目前雖然有不少高通量的實(shí)驗(yàn)方法和生物預(yù)測(cè)方法，但是都存在一定的假陽(yáng)性和偏向性。而本

2、論文利用整合基因組學(xué)(Integrative Genomics)的方法預(yù)測(cè)了水稻的葉綠體蛋白質(zhì)。本論文采用四種算法預(yù)測(cè)水稻的葉綠體蛋白質(zhì)，同時(shí)搜集五種數(shù)據(jù)來(lái)源的葉綠體蛋白質(zhì).在此預(yù)測(cè)的基礎(chǔ)上利用收集來(lái)的黃金陽(yáng)極和陰極數(shù)據(jù)通過(guò)改進(jìn)的貝葉斯方法進(jìn)行評(píng)價(jià)和整合。最后得到1618個(gè)水稻葉綠體核心蛋白(1509核編碼蛋白，109葉綠體自身編碼蛋白)和2399個(gè)候選的葉綠體蛋白。基于這些數(shù)據(jù)，推測(cè)認(rèn)為水稻核編碼葉綠體總數(shù)大約為3755個(gè).同時(shí)，本論