

版權說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內容提供方,若內容存在侵權,請進行舉報或認領
文檔簡介
1、噬菌體展示是一種高效獲得具有特定親和力的多肽或蛋白質的現代分子生物學技術。在基礎研究中,可用于預測蛋白質相互作用位點與網絡;在應用研究中,已廣泛用于疾病的診斷、預防與治療產品開發(fā)。然而,由于淘選體系與文庫內在的原因,噬菌體展示實驗數據中往往混雜著選擇或增殖相關的靶位無關多肽(Target-Unrelated Peptides,TUP),且僅靠實驗本身的改進并不能徹底消除這些噪聲。因此,借助信息學手段來報告噪聲序列,進而對噬菌體展示數據進
2、行計算純化等一系列預處理,不失為上佳之選。針對噬菌體展示實驗數據的預處理問題,我們進行了如下工作:
1、開發(fā)了基于模體的靶位無關多肽檢測工具TUPScan。通過對已知靶位無關多肽模體進行匹配,TUPScan能夠判斷提交序列是否為潛在的靶位無關多肽。初步測試表明,TUPScan不僅能夠提高表位預測工具的性能,而且有助于模擬肽疫苗的研究。
2、開發(fā)了基于數據庫的靶位無關多肽檢測工具——MimoSearch和MimoBla
3、st。為檢測不具備已知模體的靶位無關多肽,我們又構建了一個模擬肽數據庫MimoDB,收集了全球各研究組利用噬菌體展示淘選隨機文庫的實驗結果。通過MimoSearch搜索此數據庫,可以查看實驗者提交的多肽序列是否與其它已發(fā)表的結果完全相同;通過 MimoBlast工具可對 MimoDB進行全數據庫序列比對,可以找到與提交序列不完全相同但高度相似的已發(fā)表結果。如果多個研究組在淘選實驗中使用的靶位不同卻得到了完全相同或高度相似的序列,那么相應
4、多肽極可能是靶位無關多肽。
3、開發(fā)了基于支持向量機的靶位無關多肽預測工具——PhD7Faster和AvidinBinder。隨著噬菌體展示領域內數據的不斷積累,我們運用支持向量機算法,開發(fā)出兩個靶位無關多肽的預測工具。PhD7Faster能夠預測Ph.D.-7文庫中具有增殖優(yōu)勢的克隆,這有助于報告淘選此文庫所獲得實驗數據中的增殖相關的靶位無關多肽;AvidinBinder能夠預測親和素結合多肽,這有助于報告親和素結合相關的靶
5、位無關多肽。
4、構建了一個在線的噬菌體展示實驗數據預處理工具包 SAROTUP。為便于讀者使用,我們將上述研究成果開發(fā)成一個界面友好的集成網絡平臺SAROTUP,用戶只需提交實驗結果的序列信息,便可直接得到靶位無關多肽的報告結果。
綜上,本文提出了一系列報告靶位無關多肽的新方法,并且開發(fā)出一個噬菌體展示實驗數據的預處理工具包 SAROTUP(http://immunet.cn/sarotup/)。本課題的成果可能獲
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯系上傳者。文件的所有權益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網頁內容里面會有圖紙預覽,若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
- 4. 未經權益所有人同意不得將文件中的內容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內容的表現方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內容負責。
- 6. 下載文件中如有侵權或不適當內容,請與我們聯系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 噬菌體侵染細菌的實驗
- 噬菌體展示法研究rhTNF-,α-的親和配基.pdf
- 57095.噬菌體展示隨機五肽庫的構建
- 噬菌體展示三肽囊素(Bursin)模擬肽的研究.pdf
- 利用噬菌體展示技術篩選抗Aβ聚集的短肽.pdf
- 噬菌體展示技術經鼻篩選腦靶向肽.pdf
- 噬菌體
- 重組Ig結合分子噬菌體展示文庫的構建及選擇研究.pdf
- 基于噬菌體展示的構象性B細胞表位預測研究.pdf
- 噬菌體展示DNA測序結果的輔助分析程序的開發(fā).pdf
- 噬菌體侵染大腸桿菌實驗
- 噬菌體展示肽庫篩選成人骨細胞特異性結合多肽的實驗研究.pdf
- 噬菌體展示短肽親和配基的篩選及其親和色譜的研究.pdf
- 從噬菌體展示隨機肽庫中淘選多肽藥物
- 從噬菌體展示隨機肽庫中淘選多肽藥物
- 噬菌體展示多表位疫苗的構建及免疫原性研究.pdf
- 噬菌體展示技術篩選幽門螺旋桿菌單鏈抗體的研究.pdf
- 噬菌體展示肽庫篩選大腸癌細胞特異性結合肽的實驗研究.pdf
- 噬菌體展示技術體內篩選小鼠腎臟特異性多肽.pdf
- 噬菌體展示epcam單鏈抗體及免疫原性初步研究
評論
0/150
提交評論