豬肌肉生長發(fā)育相關基因SMPX、STARS、VGLL2和VGLL4的克隆、定位及其與部分性狀的關聯分析.pdf

1、提高瘦肉率和加快肌肉生長速度一直是豬育種研究的重點之一,但在當前要改良這些性狀常規(guī)育種方法已受到了一定限制,結合分子標記輔助選擇顯然已成為豬育種改良的一種趨勢。研究豬肌肉生長的分子機理不僅可以幫助人們了解動物肌肉生長發(fā)育的一般模式,也為研究動物生長模型提供很好的依據；同時這對改良豬的生長性狀和進一步應用標記輔助選擇奠定了基礎。近年來,國內外雖已初步確定了一些肌肉生長相關的候選基因,但應用到實踐生產中的不多,對豬肌肉生長的分子機理的研究也

2、還不夠深入。
　　 本研究利用生物信息學與分子生物學技術相結合的方法,在豬中克隆和定位了四個與肌肉生長發(fā)育密切相關的基因,并作了一些初步的功能研究與預測,取得了如下結果:
　　 1.結合豬EST數據庫的信息和cDNA末端快速擴增(RACE)的方法,分離并鑒定了豬SMPX和STARS兩基因的全長cDNA序列,并得到了VGLL2和VGLL4兩個基因的部分序列,GenBank數據庫收錄號分別為DQ104414、DQ536197

3、、DQ241740和DQ241739。同時利用生物信息學方法對SMPX和STARS兩個基因的cDNA全長序列進行了分析,推導其氨基酸序列和可能的功能域。
　　 2.采用比較基因組方法,分離、鑒定得到豬SMPX基因的部分啟動子序列,并對這段序列進行了轉錄因子結合位點分析,同時將這段序列提交GenBank數據庫,獲GenBank收錄號為DQ104415。
　　 3.用SCHP和IMpRH克隆板,對SMPX、STARS、VGL

4、L2和VGGL4四個基因分別進行了染色體區(qū)域定位和精細定位,結果表明SMPX基因定位于X染色體P24,與SW1903連鎖(LOD值為7.04)；STARS基因定位于4 p13,與SW871連鎖(LOD值為11.98)；VGLL2基因定位在1p13,與SW1653連鎖(LOD值為8.07)；VGLL4則定位在13號染色體q23-(1/2 q41),與SW1864連鎖(LOD值為5.75)。LOD值均在5.0以上。
　　 4.用半定

5、量RT-PCR的方法,對SMPX和STARS兩基因進行了組織表達譜和時期表達譜研究。結果表明豬SMPX和STARS基因都在心肌和骨骼肌中高表達,在其它組織低量或不表達；兩基因在肌肉生長發(fā)育的不同時期也存在一定差異表達。
　　 5.對SMPX和STARS兩基因進行了SNPs的檢測,結果發(fā)現了SMPX基因3’UTR具有TaaI-RFLP(A-G),STARS基因CDS區(qū)有-Bsh1236I-RFLP(T-G)。利用PCR-RFLP方

6、法檢測了這兩個SNPs在杜洛克、大白豬、民豬、清平豬、藍塘豬、玉山豬、梅山豬和大花白豬中的基因型分布。同時進行了群體遺傳學分析,卡方檢驗結果表明,這兩個SNPs位點的基因型頻率在不同的品種中存在較大的差異。
　　 6.在我室與通城縣畜牧局合作組建的試驗豬群中,采用方差分析的最小二乘分析法,利用廣義線性模型對上述兩個SNP位點與部分經濟性狀進行了初步的關聯分析。結果發(fā)現,SMPX基因TaaI多態(tài)性與肌內脂肪含量有極顯著的關聯(P<