馬鈴薯薯形基因位點標(biāo)記開發(fā)與物理圖譜構(gòu)建.pdf

1、薯形是馬鈴薯塊莖最重要的外觀性狀，位于10號染色體上的Ro基因是控制薯形遺傳的主效位點，貢獻(xiàn)率超過70％。本研究在已有的二倍體F1代分離群體連續(xù)4年表型鑒定的基礎(chǔ)上，將混合群體組分法與基因組測序相結(jié)合，開發(fā)了與薯形緊密連鎖的分子標(biāo)記，利用標(biāo)準(zhǔn)圓薯形分離后代材料，構(gòu)建了細(xì)菌人工染色體(BAC)文庫，并利用薯形連鎖分子標(biāo)記進(jìn)行了文庫篩選，通過獲得的陽性BAC單克隆末端測序和標(biāo)記開發(fā)，將陽性BAC單克隆拼接，初步構(gòu)建了薯形主效基因Ro區(qū)域的物

2、理圖譜。獲得的主要研究結(jié)果如下:
　　1.完成了薯形群體分離后代的塊莖表型鑒定。經(jīng)連續(xù)兩年的塊莖表型鑒定，結(jié)合本實驗室已有的連續(xù)4年的鑒定結(jié)果，篩選獲得了遺傳穩(wěn)定的圓薯形材料227份(I＜1.2)，橢圓薯形材料105份(1.2≤I＜1.5)，長薯形材料155份（I≥1.5），其中極端圓薯形材料151份(0.9＜I≤1.1)，極端長薯形材料59份（I≥1.8）。
　　2.開發(fā)出10個與薯形性狀緊密連鎖的分子標(biāo)記。選出106份后

3、代材料，分別構(gòu)建了極端圓薯形材料DNA混池RB_2bRAD和極端長薯形材料DNA混池LB_2bRAD，進(jìn)行了混池高通量簡化基因組測序。經(jīng)混池間差異標(biāo)簽的比對與篩選，發(fā)現(xiàn)了1個與薯形遺傳相關(guān)的混池差異區(qū)域，并在此區(qū)域內(nèi)開發(fā)出1個與薯形緊密連鎖的多態(tài)性標(biāo)記。選出66份后代材料，分別構(gòu)建了兩個極端圓薯形材料DNA混池RB1和RB2以及一個極端長薯形材料DNA混池LB，進(jìn)行了全基因組測序。通過對混池之間差異SNP的檢測與比較，篩選出10號染色體

4、47.31-49.40Mb物理區(qū)間內(nèi)混池差異SNP集中的區(qū)間17個，根據(jù)每個區(qū)間內(nèi)SNP位點變化信息及其側(cè)翼序列設(shè)計引物，開發(fā)出與薯形基因緊密連鎖的多態(tài)性標(biāo)記9個。
　　3.初步構(gòu)建了圓薯形主效基因Ro位點區(qū)域的物理圖譜。根據(jù)分離群體的表型鑒定數(shù)據(jù)結(jié)合分子標(biāo)記檢測結(jié)果，提取8份標(biāo)準(zhǔn)圓薯形材料(I≈1.0)混合基因組DNA，以pCC1BAC質(zhì)粒為載體，構(gòu)建了圓薯形材料BAC文庫。利用與Ro位點緊密連鎖的分子標(biāo)記篩選BAC文庫，獲得了