長鏈非編碼RNA在鼻咽癌患者中差異表達的研究.pdf

1、目的：
　　全基因組關聯分析鼻咽癌與慢性鼻咽炎組織中長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）表達水平的改變，探討lncRNA的表達改變在鼻咽癌發(fā)生發(fā)展中的作用及其潛在的分子機制。
　　方法：
　　收集42例鼻咽組織標本，包括21例鼻咽癌組織和21例慢性鼻咽炎組織。首先進行基因芯片雜交實驗：選擇其中6例鼻咽癌組織和6例慢性鼻咽炎組織作為基因芯片雜交實驗的材料，分離提取總RNA并檢測其質量，

2、將RNA制備成雙鏈cDNA，用單色熒光標記雙鏈cDNA，與8×60K芯片雜交，用Agilent Scanner G2505C掃描儀掃描，將掃描圖像輸入Agilent Feature Extraction(version11.0.1.1)軟件和Agilent GeneSpring GX(version11.5.1)軟件進行統(tǒng)計分析并輸出芯片雜交結果，得到差異表達的lncRNA和mRNA。然后利用GO(Gene Ontology，基因本體論

3、)和Pathway分析進一步研究。最后,進行實時定量逆轉錄聚合酶鏈反應(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction，qRT-PCR),對部分基因芯片雜交實驗結果進行檢測并驗證其可靠性。
　　結果：
　　在鼻咽癌與慢性鼻咽炎組織中，共有856條lncRNAs差異表達（2倍以上變化且P＜0.05），其中425條lncRNAs表達上調，431條lncRN

4、As表達下調；共有767條mRNAs差異表達，其中426條mRNAs表達上調，341條mRNAs表達下調。聚類分析法將所有l(wèi)ncRNA分成3類：基因間lncRNA，HOX基因簇，增強子型lncRNA。GO分析法將mRNA分成3類：生物學過程類、細胞組分類、分子功能類。Pathway分析顯示差異表達mRNA共參與28條信號通路，其中表達上調的信號通路18條，下調的13條，有3條信號通路（Cytokine-cytokine receptor

5、 interaction，Chemokine signaling pathway,Neuroactive ligand-receptor interaction）同時參與了表達上調和下調。上調mRNA富集度較高的10條信號通路中，細胞因子-細胞因子受體相互作用（cytokine-cytokine receptor interaction）信號通路的富集度最高，為5.428282。第一次CNC基因共表達網絡（coding-non-codi

6、ng gene co-expression network）分析結果顯示46個差異表達的lncRNAs與3個參與JAK-STAT信號通路的mRNAs相互關聯。qRT-PCR實驗證明11個lncRNAs和8個mRNAs的表達水平與基因芯片結果一致。第二次CNC構圖結果表明23個差異表達的mRNAs與3個經驗證的lncRNAs之間相互作用。
　　結論：
　　與慢性鼻咽炎組織相比，鼻咽癌組織中l(wèi)ncRNA的表達水平明顯改變，表明差