不同HIV-1新發(fā)感染測(cè)定方法的比較研究.pdf

1、HIV發(fā)病率(incidence rate)對(duì)于監(jiān)測(cè)艾滋病的流行狀況、了解艾滋病的傳播模式、制定相應(yīng)的干預(yù)和預(yù)防措施，并進(jìn)而評(píng)價(jià)防治策略和干預(yù)措施的有效性具有重要意義。開發(fā)新的生物分子標(biāo)記用于橫斷面調(diào)查以估算研究人群的發(fā)病率是當(dāng)前HIV發(fā)病率研究的主要方向。但是，由于HIV感染的臨床潛伏期可長(zhǎng)達(dá)8-10年，區(qū)分新發(fā)感染和既往感染仍然是當(dāng)前艾滋病防治中主要的科學(xué)挑戰(zhàn)之一。
　　 當(dāng)前，血清學(xué)方法中利用BED檢測(cè)方法確定新發(fā)感染得到

2、了廣泛應(yīng)用。最近的研究試圖利用核酸檢測(cè)方法測(cè)定HIV-1感染者體內(nèi)準(zhǔn)種的遺傳多樣性，以此來區(qū)分新發(fā)感染和既往感染。本研究利用北京男男同性戀隊(duì)列(35例)和新疆靜脈吸毒感染者隊(duì)列(27例)的血漿樣本，分別采用BED方法、基于模式的基因距離方法和近期發(fā)表的HD(Hamming Distance)方法進(jìn)行研究，獲得了不同檢測(cè)/分析方法區(qū)分HIV新發(fā)感染和既往感染的靈敏度、特異度和準(zhǔn)確度，并分析了不同方法確定新發(fā)感染的影響因素。
　　

3、本研究利用SGA方法擴(kuò)增env基因V1-V5(1000bp)片段，對(duì)獲得的PCR產(chǎn)物直接進(jìn)行序列測(cè)定，共獲得env基因序列1017條，樣本的序列數(shù)的中位數(shù)為16條(8-28條)。利用系統(tǒng)進(jìn)化樹方法進(jìn)行亞型分析，結(jié)果表明，北京同性戀隊(duì)列的14例感染者為CRF01_AE亞型，12例感染者為CRF07_BC亞型，9例感染者屬于B亞型。新疆隊(duì)列的所有樣本均屬于CRF07_BC亞型。
　　 BED方法區(qū)分新發(fā)感染和既往感染(窗口期為168

4、天)的靈敏度、特異度和準(zhǔn)確度分別為47.06％、78.05%和68.97%；基于模式的基因距離方法區(qū)分新發(fā)感染和既往感染(窗口期為365天)時(shí)的靈敏度、特異度和準(zhǔn)確度分別為80.43%、66.67%、和77.59%；HD方法區(qū)分新發(fā)感染和既往感染(窗口期為365天)時(shí)的靈敏度、特異度和準(zhǔn)確度分別為82.61%、66.67%和79.31%。
　　 本研究進(jìn)一步利用ROC曲線分析了亞型種類、序列長(zhǎng)度和感染時(shí)間確定準(zhǔn)確程度對(duì)三種方法區(qū)

5、分新發(fā)感染和既往感染臨界值(Cutoff)的影響。結(jié)果表明，BED方法受到感染時(shí)間確定準(zhǔn)確程度的影響；基于模式的基因距離方法在臨界值的確定上不受長(zhǎng)度的影響，但是會(huì)受到亞型的影響；不同亞型對(duì)HD方法區(qū)分新發(fā)感染和既往感染時(shí)的臨界值沒有影響。不同序列長(zhǎng)度對(duì)基于模式的基因距離方法臨界值沒有影響，均為0.30；相反，HD方法受分析序列的長(zhǎng)度影響較大，當(dāng)分析序列的長(zhǎng)度為1000bp時(shí)，臨界值為7；當(dāng)分析序列長(zhǎng)度為540bp和500bp時(shí)，臨界值為