BioEngine：生物大型綜合數據庫搜索引擎的設計與實現.pdf

1、LSBI是上海生物信息技術研究中心在國家和上海市科教委的支持下開發(fā)的大型綜合數據庫，目前已包括普通核酸數據庫，物種分類數據庫，引物數據庫等十余個主題數據庫，并能夠提供BLAST，MapViewer,SEPPA等在線服務。面對數據庫中的海量數據，如何提供快速的數據檢索服務已是LSBI在開發(fā)中面臨的首要問題。
　　 通過結合美國NCBI的Entrez檢索系統(tǒng)，歐洲EMBL-EBI的Eb-eye等國際上著名生物數據庫的檢索系統(tǒng)的開發(fā)經

2、驗。開發(fā)了應用于LSBI的大型綜合生物數據庫搜索引擎--BioEngine。BioEngine可以為LSBI的所有子數據庫提供檢索服務，并且能夠同物種分類數據庫中的物種信息將各子數據庫結合起來進行通過物種名的跨庫檢索。作為初步的嘗試，BioEngine本質上是一個SQL生成器，通過內置的程序邏輯，在一定程度上能夠理解數據庫中生物數據的意義及各數據間的相互關系，通過解析用戶輸入的檢索式并進行整理，生成合理的SQL語句提供給后臺的ORACL

3、E數據庫管理系統(tǒng)對數據進行檢索。目前LSBI及BioEngine已經在實際應用中平穩(wěn)運行(http://lifecenter.sgst.cn)。
　　 為了適應LSBI的不斷發(fā)展和對現有子數據檢索要求的不斷完善，BioEngine的設計具有良好的可擴展性，它不需要進行核心代碼的修改而是簡單的通過配置和修改XML文件就可以提供對一個數據庫的檢索服務。這樣大大減輕了系統(tǒng)開發(fā)人員的工作負擔，提高了BioEngine的靈活性。