蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)拓?fù)浣<捌鋺?yīng)用研究.pdf_第1頁(yè)
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1、蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)決定其生物功能,拓?fù)涫菍?duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的高層描述。預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的核心拓?fù)淠J剑粌H有助于解構(gòu)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu),而且有助于設(shè)計(jì)和改造藥物結(jié)構(gòu)。本文面向蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè),研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)拓?fù)浣<夹g(shù),一是基于折疊模式的蛋白質(zhì)拓?fù)浣<捌鋺?yīng)用,二是一類特定蛋白質(zhì)的拓?fù)浣<捌鋺?yīng)用。
   折疊模式是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)拓?fù)涞囊环N分類表達(dá)。本文利用一個(gè)基于SCOP結(jié)構(gòu)庫(kù)折疊模式預(yù)測(cè)器輸出的待測(cè)蛋白質(zhì)的折疊模式,將SCOP中相同折疊模式的蛋白

2、質(zhì)結(jié)構(gòu)作為生成片段庫(kù)的重要基礎(chǔ),生成了高質(zhì)量的片段庫(kù)。將這種片段庫(kù)應(yīng)用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中的一些難題,表明采用本文方法的片段庫(kù)很好地提高了結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的精度。
   蛋白質(zhì)中一類特殊的G蛋白偶聯(lián)受體(GPCR)具有特定的拓?fù)?,GPCR特有的7個(gè)α跨膜螺旋決定了它的主要拓?fù)涮卣?。本文基于一種預(yù)測(cè)跨膜螺旋二維結(jié)構(gòu)的方法,抽取出跨膜螺旋空間距離約束,同時(shí)又總結(jié)出跨膜螺旋與膜的朝向以及在膜中的傾斜角度兩種約束,以此為基礎(chǔ)開發(fā)了一個(gè)應(yīng)用了三種拓

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