基于群體智能的分子對(duì)接算法研究與實(shí)現(xiàn).pdf

1、分子對(duì)接作為一種藥物設(shè)計(jì)工具，在藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。它能夠充分利用計(jì)算機(jī)優(yōu)化算法，實(shí)現(xiàn)計(jì)算機(jī)輔助藥物虛擬篩選。分子對(duì)接的目標(biāo)是搜索龐大的對(duì)接構(gòu)象，從而找到自由能最低的構(gòu)象（也就是最穩(wěn)定的構(gòu)象）。分子對(duì)接問(wèn)題包含兩個(gè)方面:一是打分函數(shù)，用來(lái)表示分子模型，有效地指引搜索;另一個(gè)是搜索算法，對(duì)對(duì)接產(chǎn)生的龐大構(gòu)象進(jìn)行搜索;這樣分子對(duì)接問(wèn)題就轉(zhuǎn)化成數(shù)學(xué)上的優(yōu)化問(wèn)題。
　　本文的主要從搜索算法入手，全面分析群體智能算法，將經(jīng)典

2、的群體智能算法變種引入到分子對(duì)接平臺(tái)(AutoDock)中，構(gòu)建了用群體智能算法處理分子對(duì)接問(wèn)題的方法體系。之后，本文分別以PSO、ABC和AFSA的變種為搜索算法，實(shí)現(xiàn)了分子對(duì)接程序FIPSDock、ABCDock和AFSADock，并將它們與4個(gè)經(jīng)典的分子對(duì)接算法進(jìn)行了比較，即GOLD，DOCK，F(xiàn)lexX和用LGA實(shí)現(xiàn)的AutoDock。本文的對(duì)接實(shí)驗(yàn)包括同源對(duì)接和交叉對(duì)接兩部分，在多個(gè)方面對(duì)經(jīng)典的分子對(duì)接軟件和本文實(shí)現(xiàn)的FIPS