

版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請進行舉報或認領(lǐng)
文檔簡介
1、在中國,中華絨螯蟹是極受歡迎的美食,近幾年大閘蟹的人工養(yǎng)殖產(chǎn)量逐年快速增長,成為水產(chǎn)經(jīng)濟養(yǎng)殖重要組成部分。但隨著水產(chǎn)養(yǎng)殖集約化的提高,抗生素不斷濫用,導(dǎo)致環(huán)境污染,病害加重,新的抗菌方法或者替代品急需被研制出來以減少抗生素的使用。
人和動物的體表和體內(nèi)含有數(shù)量龐大物種極多結(jié)構(gòu)復(fù)雜的微生物,這其中腸道細菌數(shù)量和種類又是最多的。目前研究發(fā)現(xiàn),腸道細菌主要在消化吸收、免疫系統(tǒng)和新陳代謝等方面協(xié)助人體腸道發(fā)揮作用。水產(chǎn)動物的腸道中同樣
2、擁有復(fù)雜的微生物系統(tǒng),針對魚類的腸道微生物研究較為充足,功能與人類腸道細菌相似。然而蝦蟹類腸道細菌的研究仍在初級階段,螃蟹的腸道細菌研究僅有三篇報道,優(yōu)勢菌屬于柔膜菌門(Tenericutes),擬桿菌門(Bacteroidetes)和厚壁菌門(Firmicutes)。但這些研究樣品量少,所得結(jié)果不能統(tǒng)一,核心菌屬難以確定,因此,對中華絨螯蟹腸道微生物的研究仍需更加深入。
如果能夠透徹研究腸道微生物的功能,就可以找到益生菌,從
3、而利用這些益生菌來幫助人或者動物更好得生存。目前,某些細菌,例如乳酸菌或雙歧桿菌等作為益生菌添加在人類的食品中,來促進人類的腸道或其他功能。而在水產(chǎn)養(yǎng)殖中,枯草芽孢桿菌和梭菌屬等作為益生菌也已經(jīng)在飼料中應(yīng)用。但不同物種腸道結(jié)構(gòu)不同,腸道微生物也有所不同,應(yīng)用通用的益生菌制劑并不能完全發(fā)揮作用,因此能夠找到中華絨螯蟹腸道益生菌并將其利用在螃蟹養(yǎng)殖中去,對水產(chǎn)養(yǎng)殖是極大的貢獻。
本文旨在研究中華絨螯蟹腸道微生物多樣性從而找到核心菌
4、群,并檢測這些核心菌的來源,為后面學者研究腸道益生菌并應(yīng)用在水產(chǎn)養(yǎng)殖中提供理論基礎(chǔ)。
本文通過現(xiàn)在流行的高通量測序以及DGGE測序技術(shù)來初步了解中華絨螯蟹腸道微生物的多樣性,而這些研究方法都是以PCR為基礎(chǔ)而建立的,因此合適的PCR引物,對結(jié)果的準確性有極大的影響。本文首先對應(yīng)用廣泛的細菌16S rRNA基因通用引物357F/518R的特異性進行驗證,發(fā)現(xiàn)其有非特異性擴增。經(jīng)進一步實驗分析發(fā)現(xiàn)V3區(qū)引物可以擴增多種動物的18S
5、 rRNA基因,而在現(xiàn)有的NCBI Genbank中也發(fā)現(xiàn)經(jīng)V3區(qū)引物擴增而得到到動物18S rRNA序列被誤認為細菌的16S rRNA序列而上傳。本文經(jīng)過Silicon分析以及實驗驗證,討論不同的細菌16S rRNA的特異性與覆蓋率,最終確定V1-V3區(qū)引物為特異性較好對細菌覆蓋率最高,適合應(yīng)用在DGGE上,而V1-V2區(qū)引物適合應(yīng)用在宏基因組擴增中。
應(yīng)用DGGE分析三只螃蟹的中后腸細菌,共得到17條不同條帶,經(jīng)割膠測序分
6、析這些序列屬于柔膜菌門(Tenericutes),擬桿菌門(Bacteroidetes),厚壁菌門(Firmicutes)和變形菌門(Proteobacteria)。而通過宏基因組測序技術(shù)發(fā)現(xiàn)柔膜菌門(Tenericutes),擬桿菌門(Bacteroidetes),變形菌門(Proteobacteria)和厚壁菌門(Firmicutes)為腸道中優(yōu)勢門類,總量超過95%,而其他較少的門類主要是Actinobacteria,Chloro
7、flexi,Acidobacteria和Cyanobacteria。在屬水平上,這些門下主要有10種不同的優(yōu)勢OTU,分別是Bacteroides,Dysgonononas,Sunxiuqinia,CMCMollicutesgroup1,CMC Mollicutesgroup2,Vibrio,UnculturedStreptococcaceae,Pseudomonas,Pantoea和Coprobacillus。而這些菌在中華絨螯蟹的中
8、后腸都有存在,但分布有所不同。中華絨螯蟹腸道發(fā)現(xiàn)的Marinifilum fragile(屬于擬桿菌門)同在韓國海水底泥中發(fā)現(xiàn)的Marinifilum有很高的匹配度。中華絨螯蟹腸道發(fā)現(xiàn)的擬桿菌屬的細菌并未在其他動物腸道中發(fā)現(xiàn)相似性較高的細菌。這些擬桿菌屬可能是中華絨螯蟹腸道特有的細菌,并且和螃蟹腸道具有特殊的關(guān)系。這些擬桿菌在螃蟹后腸的分布比在中腸稍多,但不同的個體之間也有差別。
CMCMollicutesgroup1和CMC
9、Mollicutesgroup2可能是中華絨螯蟹腸道特有的常駐菌。CMCMollicutesgroup2和CandidatusBacilloplasma還有Candidatus Lumbricincola有較近的親緣關(guān)系,并且在中后腸中都有所發(fā)現(xiàn)。然而CMCMollicutesgroup1在中華絨螯蟹的中腸大量存在,這些細菌序列同在泥蟹(Scylla paramamosain)腸道中發(fā)現(xiàn)的uncultured Mycoplasmatac
10、eae序列有95%的匹配度,并且同在等足類海洋動物Ligia oceanica(Crustacea:Isopoda)的中腸中發(fā)現(xiàn)的共生菌uncultured Mycoplasmataceae的序列有超過96%的匹配度,因此CMCMollicutesgroup1可能與等足類動物中的Mycoplasmas起源于共同的祖先。而這兩株菌極有可能是在中華絨螯蟹腸道切片電鏡中發(fā)現(xiàn)分布具有柄基結(jié)構(gòu)和菌毛狀結(jié)構(gòu)細菌。
為了進一步驗證這些菌是否
11、為中華絨螯蟹腸道核心菌群,即是否能夠在不同養(yǎng)殖地點的螃蟹中都有存在,qPCR檢測了來自中國七個省市的9個不同養(yǎng)殖場的螃蟹腸道樣品。應(yīng)用設(shè)計的5類優(yōu)勢OTU特異性的引物所得拷貝數(shù)和細菌通用引物所得拷貝數(shù)的比例計算細菌在樣品中的含量。結(jié)果發(fā)現(xiàn)Bacteroides,Sunxiuqinia,Mollicutesgroup1和Mollicutesgroup2能夠在多數(shù)樣品中檢測到,并且含量較高,為中華絨螯蟹腸道核心菌群。經(jīng)對螃蟹養(yǎng)殖水體和食物檢
12、測發(fā)現(xiàn),Marinifilum來源是食物和水體,并不能長期存在于螃蟹的腸道中,不屬于核心菌群。而Sunxiuqinia可能來源于水體并在腸道中常駐,并且在所有樣品中有檢測到,含量較為穩(wěn)定,是優(yōu)勢的核心菌。而Bacteroides,Mollicutesgroup1和Mollicutesgroup2則是中華絨螯蟹腸道特有的微生物,在其他環(huán)境中未發(fā)現(xiàn),有可能是由親代傳給后代,并非來源于環(huán)境。在qPCR分析時發(fā)現(xiàn)四種核心菌在后腸的含量都比中腸高
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內(nèi)容負責。
- 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當內(nèi)容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 陽澄西湖中華絨螯蟹腸道菌群結(jié)構(gòu)的研究.pdf
- 太湖養(yǎng)殖中華絨螯蟹腸道菌群多樣性研究.pdf
- 乳鐵蛋白對中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis)免疫功能及腸道菌群的影響.pdf
- 中華絨螯蟹幼蟹生長特性研究.pdf
- 中華絨螯蟹血液指標研究.pdf
- 中華絨螯蟹滋味品質(zhì)的研究.pdf
- 中華絨螯蟹的能量分配研究.pdf
- 恩諾沙星和皮質(zhì)醇對中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis)免疫功能及腸道菌群的影響.pdf
- 中華絨螯蟹精子的生理生化研究.pdf
- 中華絨螯蟹凍藏品質(zhì)的研究.pdf
- 中華絨螯蟹幼體脂類營養(yǎng)研究.pdf
- 中華絨螯蟹的品質(zhì)分析與比較.pdf
- 不同水溶性果膠和木聚糖對中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis)生長、消化生理和腸道菌群的影響.pdf
- 中華絨螯蟹(Eriocheirsinensis)精子頂體反應(yīng)誘導(dǎo)與BK通道功能初探.pdf
- 55769.中華絨螯蟹sox基因的研究
- 中華絨螯蟹性早熟及其機理的研究.pdf
- 中華絨螯蟹肝胰腺病癥的病理分析.pdf
- 5-HT對中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis)腸道運動影響的初步探究.pdf
- 中華絨螯蟹幼蟹生長及家系間的鑒別研究.pdf
- 不同來源中華絨螯蟹蟹種質(zhì)量評價的研究.pdf
評論
0/150
提交評論