基于生物醫(yī)學本體的生物信息數(shù)據(jù)庫集成方法研究.pdf

1、分析與處理分子生物學實驗、特別是近年來涌現(xiàn)的高通量方法產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)是生物信息學的重要任務。大量計算機學科方法廣泛地應用在這個領域中。分子生物學數(shù)據(jù)庫是這兩個學科的交匯點。截至2009年，國際上已經(jīng)有1000個以上的生物信息數(shù)據(jù)庫，這些數(shù)據(jù)庫涉及分子生物學和生物信息學的各個領域，包含的數(shù)據(jù)類型復雜多樣。
　　通過分析現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容和結(jié)構(gòu)可以描繪生物信息學的發(fā)展現(xiàn)狀以及探索新的研究方向。在這個過程中，能夠挖掘數(shù)據(jù)庫以及相關研究之間

2、關系的數(shù)據(jù)庫網(wǎng)絡將是十分重要的。當前只有以研究領域?qū)?shù)據(jù)庫的簡單分類，整合并分析生物信息學數(shù)據(jù)庫內(nèi)容關系的研究還未在文獻中見到。
　　生物學知識固有的復雜性導致難以簡單集成在已有的數(shù)據(jù)庫或分子數(shù)據(jù)中。本體是一種形式化表示概念意義的描述以及概念之間關系等方面知識的方式。用唯一的標識符來標記生物學本體中的每個概念，可以用于檢索分子數(shù)據(jù)庫。
　　本文整合部分現(xiàn)有的生物信息數(shù)據(jù)庫資源，分析了生物信息數(shù)據(jù)庫的一般特征和生物信息學研究的

3、一般過程，設計了一個基于內(nèi)容的生物信息數(shù)據(jù)庫集成模型。本文使用概念/術(shù)語來描述每個數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容，抽取生物醫(yī)學本體的知識以建立概念之間的聯(lián)系組成生物學概念網(wǎng)絡，在概念網(wǎng)絡的基礎上建立生物信息數(shù)據(jù)庫網(wǎng)絡。通過進一步區(qū)分概念之間的關系類型，包括生物學關系，可以使生物信息數(shù)據(jù)庫網(wǎng)絡具有生物學意義。不同的關系賦予不同的權(quán)值，以此量化數(shù)據(jù)庫間的關系，能夠衡量網(wǎng)絡中數(shù)據(jù)庫之間關系的緊密程度，并基于此進行生物信息數(shù)據(jù)庫檢索。
　　本文實現(xiàn)了一個生