基于生物醫(yī)學(xué)本體的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)集成方法研究.pdf

1、分析與處理分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)、特別是近年來(lái)涌現(xiàn)的高通量方法產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)是生物信息學(xué)的重要任務(wù)。大量計(jì)算機(jī)學(xué)科方法廣泛地應(yīng)用在這個(gè)領(lǐng)域中。分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)是這兩個(gè)學(xué)科的交匯點(diǎn)。截至2009年，國(guó)際上已經(jīng)有1000個(gè)以上的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)，這些數(shù)據(jù)庫(kù)涉及分子生物學(xué)和生物信息學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域，包含的數(shù)據(jù)類(lèi)型復(fù)雜多樣。
　　通過(guò)分析現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容和結(jié)構(gòu)可以描繪生物信息學(xué)的發(fā)展現(xiàn)狀以及探索新的研究方向。在這個(gè)過(guò)程中，能夠挖掘數(shù)據(jù)庫(kù)以及相關(guān)研究之間

2、關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)絡(luò)將是十分重要的。當(dāng)前只有以研究領(lǐng)域?qū)?shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)單分類(lèi)，整合并分析生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容關(guān)系的研究還未在文獻(xiàn)中見(jiàn)到。
　　生物學(xué)知識(shí)固有的復(fù)雜性導(dǎo)致難以簡(jiǎn)單集成在已有的數(shù)據(jù)庫(kù)或分子數(shù)據(jù)中。本體是一種形式化表示概念意義的描述以及概念之間關(guān)系等方面知識(shí)的方式。用唯一的標(biāo)識(shí)符來(lái)標(biāo)記生物學(xué)本體中的每個(gè)概念，可以用于檢索分子數(shù)據(jù)庫(kù)。
　　本文整合部分現(xiàn)有的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)資源，分析了生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)的一般特征和生物信息學(xué)研究的

3、一般過(guò)程，設(shè)計(jì)了一個(gè)基于內(nèi)容的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)集成模型。本文使用概念/術(shù)語(yǔ)來(lái)描述每個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容，抽取生物醫(yī)學(xué)本體的知識(shí)以建立概念之間的聯(lián)系組成生物學(xué)概念網(wǎng)絡(luò)，在概念網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上建立生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)進(jìn)一步區(qū)分概念之間的關(guān)系類(lèi)型，包括生物學(xué)關(guān)系，可以使生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)絡(luò)具有生物學(xué)意義。不同的關(guān)系賦予不同的權(quán)值，以此量化數(shù)據(jù)庫(kù)間的關(guān)系，能夠衡量網(wǎng)絡(luò)中數(shù)據(jù)庫(kù)之間關(guān)系的緊密程度，并基于此進(jìn)行生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)檢索。
　　本文實(shí)現(xiàn)了一個(gè)生