基于啟動子信息預測人類基因的組織差異表達.pdf

1、研究真核生物轉錄調(diào)控信號的編碼方式是理解多細胞復雜性的起源的關鍵所在；然而，人們對于真核生物基因調(diào)控的遺傳編碼方式仍然知之甚少。全面認識啟動子在轉錄調(diào)控中的作用是準確重建基因調(diào)控網(wǎng)絡的必需。為此，展開了關于近端啟動子與其下游基因在79個人類組織上的表達水平的關系的研究。 首先，構建了含有下游基因表達量信息的啟動子數(shù)據(jù)集。使用GNF Atlas2基因表達譜數(shù)據(jù)以及來源于DBTSS的啟動子數(shù)據(jù)對各組織構建了一套含有2000條啟動子序

2、列的正、負數(shù)據(jù)集。然后，分析了啟動子序列及元件的統(tǒng)計特征與基因表達水平的關系。結果表明，使用六聯(lián)體使用頻率以及7種常見的核心啟動子元件的出現(xiàn)頻率作為特征可以區(qū)分高表達基因與低表達基因所對應的啟動子；進而，研制了基于啟動子序列及元件信息預測基因的組織差異表達的系統(tǒng)——DEPS。 對79個人類組織的5重交叉驗證測試結果顯示，DEPS的平均敏感度、專一度、精確度和準確度分別達到了76.1％、76.5％、76.5％和76.3％。并且，D